Структура ММО, принятая на Конференции в Мюнхене, сохранилась до Первой Мировой Войны, когда международное сотрудничество в области метеорологии было прервано более чем на четыре года. В период с 1891 по 1914 годы Конференция директоров собиралась дважды, в 1896 году в Париже и в 1905 году в Инсбруке, а Международный метеорологический комитет — восемь раз. Вильд покинул пост Президента в 1896 году, и ему на смену пришел профессор Элетер Маскар, занимавший одновременно должности профессора физики в Коллеж де Франс и директора Центрального метеорологического бюро Франции. Он, в свою очередь, ушел в отставку в 1907 году, и его преемником стал сэр Уильям Нейпир Шоу, ученый, возглавлявший Британский метеорологический центр.
В период с 1891 по 1914 годы главным и можно даже сказать — важнейшим достижением ММО стало образование постоянных технических комиссий, и проводившееся на них поименное голосование отражает основные вехи развития метеорологии в конце XIX — начале XX веков, а именно совершенствование приборного оснащения, накопление знаний по метеорологии, достижения в области динамической метеорологии и постоянные усилия, направленные на формирование передовой практики наблюдений. В последнем случае Конференция в Мюнхене поддержала проект, ожидавший своего часа еще со времени проведения Венского конгресса, участники которого договорились о том, что метеорологические организации и обсерватории должны, как это было сформулировано в протоколе от 8 сентября 1873 года, «публиковать точные диаграммы форм облаков, типичных для каждой страны». Конференция в Мюнхене приняла классификацию облаков, представленную Эберкромби и Гильдебрандсоном и разработанную в развитие классификации, первоначально предложенной Люком Говардом, и утвердила планы публикации Международного атласа облаков. Он был опубликован в Париже в 1896 году, а уточненное второе издание вышло в 1910 году.
Учреждение технических комиссий
Первой постоянной технической комиссией ММО стала Комиссия по земному магнетизму и атмосферному электричеству, образованная на конференции в Мюнхене в 1891 году. Второй — Комиссия по облакам, образованная на заседании Международного метеорологического комитета в Уппсале в 1894 году; еще две комиссии были сформированы на совещании Конференции директоров в Париже в 1896 году. Комиссия по аэронавтике (переименованная в 1902 году в Комиссию по научной аэронавтике) была учреждена в целях координации исследований верхних слоев атмосферы, осуществляемых посредством шаров-зондов и змейковых аэростатов, а также новых разработанных приборов, таких как вентилируемый психометр Ассмана. Комиссия по радиации и инсоляции была образована в целях координации исследовательских программ по актинометрии и оценки приборов, применявшихся для измерения солнечной и земной радиации.
Вопрос о необходимости создания комиссии по морской метеорологии впервые обсуждался на заседании Международного метеорологического комитета, состоявшемся в Санкт-Петербурге в 1899 году, однако разрешения на ее формирование не последовало. Она была образована лишь в 1907 году как Комиссия по штормовым предупреждениям и морской метеорологии. Перемена произошла с осознанием потенциала важного технического достижения — возможности использования беспроволочного телеграфа для передачи на береговые станции прогнозов погоды с судов, находящихся в море. Вопрос был рассмотрен на совещании Конференции директоров в Инсбруке в 1905 году, и в компании Маркони была получена информация о стоимости организации такого сообщения. Примерно к этому же времени относится признание возможности использовать беспроволочный телеграф для передачи на береговые станции штормовых предупреждений с судов, находящихся в море.
The “Réseau Mondial” («Глобальная сеть»)
Еще одним важным итогом заседания Международного метеорологического комитета 1907 года стало образование Комиссии по глобальной сети. Идея создания метеорологических станций в так называемых больших центрах действия атмосферы рассматривалась еще в 1896 году, когда соответствующая работа д‑ра Гильдебрандсона рассматривалась на совещании Конференции директоров в Париже. Однако особенного интереса на тот момент эта идея не вызвала. Несмотря на неудачу, Гильдебрандсон продолжил работу и снова поднял этот вопрос на заседании Международного метеорологического комитета в 1899 году. На этот раз идея была встречена с большим энтузиазмом, однако единственное последовавшее действие выразилось в единогласном принятии резолюции, в которой была признана важность осуществления метеорологических наблюдений в тех точках мира, где это представляется особенно существенным для получения представления о природе циркуляции атмосферы. В дальнейшем эта идея появилась в повестке дня ММО только в 1905 году на совещании Конференции директоров в Инсбруке. Образование Комиссии по глобальной сети стало знаковым событием в истории ММО и ВМО, положив начало официальным инициативам по развитию всемирной сети метеорологических станций. Глобальный характер метеорологических наблюдений получил признание уже давно, но только теперь начинают предприниматься шаги, направленные на организацию наблюдений, необходимых для понимания циркуляции атмосферы в планетарном масштабе.
В период с 1879 по 1914 годы Международная Метеорологическая Организация обрела структуру, которая соответствовала международным потребностям метеорологии, с техническими комиссиями, которые доказали свою эффективность в плане содействия развитию международного сотрудничества, хотя около 1910 года появлялись жалобы на то, что некоторые комиссии имели в своем составе слишком много членов, заседания проводились слишком часто, дорожные расходы были чрезмерны, а поездки слишком затянуты.
Большое внимание на заседаниях ММО уделялось вопросам стандартизации и оптимизации практики метеорологических наблюдений и сообщения полученных данных, а также потребностям научных работников. Активно использовались последние достижения в области приборного оснащения и технологий, и к 1914 году был сделан большой шаг вперед в сборе аэрологических данных посредством метеорографов и других приборов, установленных на шарах-зондах, змейковых аэростатах и даже самолетах на ранней стадии их появления. Однако вопрос использования беспроволочного телеграфа для метеорологических целей или для целей метеорологического обслуживания аэронавигации оставался малоизученным.
Концепция межправительственной организации
Существующая структура ММО была подтверждена на совещании в Копенгагене: Конференция директоров, Международный метеорологический комитет, Исполнительный совет, Технические комиссии и Секретариат. Однако по итогам дальнейшего рассмотрения статуса ММО была принята резолюция, в которой говорилось о желательности официального признания Организации со стороны правительств. Возможность преобразования Организации в межправительственный орган наконец получила признание.
Вопрос об учреждении международного метеорологического бюро занял важное место в повестке дня совещания Конференции директоров в Варшаве в 1935 году, которое некоторые считают самым значительным совещанием директоров в период между двумя мировыми войнами. Было принято решение приглашать правительства на будущие совещания Конференции директоров и включить в текст приглашений просьбу к правительствам назначить директоров их национальных метеорологических служб в качестве их представителей на совещаниях с правом участия в голосовании от их имени.
Региональные комиссии
Важное решение, принятое на совещании в Варшаве в 1935 году, касалось организации региональных комиссий в целях обеспечения более эффективного осуществления резолюций ММО в отделенных районах мира. Первыми были созданы Региональные комиссии для Африки и Дальнего Востока, а вслед за ними в 1937 году еще три — Региональные комиссии для Северной и Центральной Америки, Южной Америки и юго-западной части Тихого океана. С появлением этих комиссий наблюдалось серьезное ослабление тенденции ММО к европоцентризму. Более того, Региональная комиссия для Европы была сформирована последней в 1946 году.
Другим важным решением, принятым на совещании в Варшаве, было решение о замене Комиссии ММО по применению метеорологии в аэронавигации Комиссией по авиационной метеорологии, члены который назначались правительствами. Это позволило существенно улучшить отношения между ММО и Международной комиссией по аэронавигации, однако одновременно была создана нестандартная ситуация, поскольку, как отметил д‑р Хессельберг на совещании в Берлине в 1939 году, новая Комиссия имела более официальный статус, чем сама ММО. Он видел в этом еще одно основание для получения ММО межправительственного статуса.
Проект всемирной метеорологической конвенции
На совещании в Варшаве д‑р Теодор Хессельберг из Метеорологической службы Норвегии сменил д‑ра ван Эвердингена на посту Президента Международного метеорологического комитета. Он был большим сторонником повышения международного статуса метеорологии и выступал за преобразование ММО в межправительственное агентство. Вместе с директором Метеорологической службы Франции г‑ном Филиппом Верле он закрепил принятое в Варшаве решение, подготовив проект всемирной метеорологической конвенции, которая в случае ее принятия должна была обеспечить ММО официальный статус. Представляя проект конвенции на заседании Международного метеорологического комитета в Берлине в 1939 году, он перечислил ряд преимуществ, связанных с изменением статуса ММО. В частности, он считал целесообразным усиление влияния правительств на работу Организации, принимая во внимание устойчивый рост практического значения метеорологии. Он также полагал, что Организация должна иметь доступ к достаточным ресурсам, с тем чтобы финансовые сложности не сказывались на эффективности сотрудничества. Помимо этого, он считал, что правительства должны иметь более широкие возможности контролировать выбор представителей от их стран.
Международный метеорологический комитет провел постатейное рассмотрение проекта конвенции и передал документ, получивший название «берлинский проект», в Комиссию по изучению проекта конвенции, созданную Комитетом на своем заседании в Берлине. Предполагалось, что комиссия уточнит и доработает проект и представит окончательный вариант на рассмотрение совещания Конференции директоров в Вашингтоне, округ Колумбия в 1941 году. Однако вмешалась Вторая Мировая Война. До 1946 года работа над проектом почти остановилась.
Секретариат переезжает в Швейцарию
На совещании Конференции директоров в Копенгагене в 1929 году было принято принципиальное решение о переносе Секретариата в Швейцарию, но дата переезда назначалась. В 1390-е годы наблюдался рост недовольства в связи с тем, что решение еще не было исполнено, идею переноса поддержал д-р Хессельберг. В результате девальвации нидерландского гульдена 1936 году Секретариат оказался в трудном положении, и появилось больше оснований для ускорения процесса переезда. На заседании Международного метеорологического комитета в Зальцбурге в 1937 году д‑р Хессельберг предложил назначить дату переезда на 1 января 1939 года, но достигнуть договоренности по этому предложению не удалось. В итоге Секретариат взял решение вопроса в свои руки. Вскоре после начала Второй Мировой Войны они поспешно выехали из Де Билта и перебрались в Лозанну. Тем временем, в июле 1938 года руководителем Секретариата стал д‑р Густав Свобода из Праги, после того как д‑р Каннегитер сменил д‑ра‑ван Эвердингена на посту директора Королевского Нидерландского метеорологического института.